À partir de 1860, des missions allemandes s’implantent dans la région du Levant. L’une des importantes réalisations de ces œuvres protestantes allemandes est l’hôpital Saint Jean de Beyrouth qui est dirigé par l’ordre des Johannites de Brandebourg.

À la fin de la Première Guerre Mondiale, la France se voit confier un mandat sur cette partie de l’Empire Ottoman qui regroupe le Liban et la Syrie actuels. C’est ainsi que la France «hérite» de l’hôpital Saint Jean, qui est alors transformé en hôpital militaire français. Cet hôpital est aujourd’hui le bâtiment principal de l’ESA.

Lorsque les troupes militaires françaises quittent le Liban, à l’indépendance, en 1943, le site change définitivement d’orientation pour accueillir la chancellerie diplomatique française et l’ensemble de ses services jusqu’en 1983.

Ce n’est qu’en 1995 que les gouvernements libanais et français décident de créer un important dispositif de formation destiné aux cadres du Liban et de la région.